บรรยากาศวันเปิดภาคเรียนวันแรก ปีการศึกษา 2563 ทางโรงเรียนได้จัดให้มีจุดตรวจคัดกรองและนำมาตรการเฝ้าระวัง ป้องกัน และควบคุมการแพร่ระบาดของโรคโควิด-19 เพื่อดูแลความปลอดภัยของนักเรียนและบุคลากรของโรงเรียน

กำหนดจุดคัดกรองและการเข้าออกเพียงจุดเดียวผ่านเครื่องสแกนใบหน้า (Face Scan) ในการตรวจวัดอุณหภูมิและการบันทึกการเข้าเรียนและเข้าทำงานของบุคลากร ผ่านไปยังระบบแอปพลิเคชันที่ทางโรงเรียนอัสสัมชัญใช้อยู่เดิม

สำหรับนักเรียนที่มีอุณหภูมิสูงเกิน 37.5 องศาเซลเซียสขึ้นไปต้องเข้าสู่จุดพักสังเกตอาการ โดยมีคุณครูงานสุขอนามัยและพยาบาลวิชาชีพตรวจสอบอาการและซักประวัติเพื่อเข้าสู่การส่งต่อตามมาตรการที่โรงเรียนกำหนด โดยยึดแนวทางของกระทรวงสาธารณสุข ทุกคนที่เข้ามายังโรงเรียนอัสสัมชัญต้องสวมหน้ากากอนามัยหรือหน้ากากผ้าและผ่านจุดคัดกรอง โดยผู้ปกครองนักเรียนและบุคคลภายนอกที่จะเข้ามาติดต่อหน่วยงานภายในโรงเรียนให้มาติดต่อได้หลังเวลา 08.00 น.

สำหรับการจัดการเรียนการสอน ให้นักเรียนมาเรียนห้องละ 25 คนตามแนวทางที่กระทรวงศึกษาธิการกำหนด โดยจะแบ่งนักเรียนเป็น 2 กลุ่มเพื่อสลับวันมาเรียนที่โรงเรียนดังนี้ กลุ่มที่ 1 คือนักเรียนเลขที่คี่ และกลุ่มที่ 2 คือนักเรียนเลขที่คู่ สำหรับวันที่นักเรียนไม่ได้มาเรียนที่โรงเรียนต้องเรียนผ่านระบบออนไลน์ตามตารางเรียนปกติพร้อมกับนักเรียนในห้อง พร้อมจัดที่นั่งเว้นระยะห่าง (Social Distancing) ภายในห้องเรียนและภายในบริเวณโรงเรียน

การรับประทานอาหาร จัดให้เหลื่อมเวลาในการรับประทานอาหาร นักเรียนต้องนำกระติกน้ำดื่มติดตัวมาโรงเรียน ลดการสัมผัสในการซื้ออาหารโดยใช้แอปพลิเคชันในการชำระค่าอาหาร เว้นระยะห่าง (Social Distancing) ในการนั่งรับประทานอาหาร ล้างมืออย่างสม่ำเสมอด้วยสบู่เหลวหรือเจลแอลกอฮอล์ก่อนรับประทานอาหาร พนักงานโภชนาการทุกคนสวมหน้ากากอนามัย Face Shield ถุงมือ ผ้ากันเปื้อน และหมวก ตลอดระยะเวลาการปฏิบัติงาน

นอกจากนี้ทางโรงเรียนอัสสัมชัญได้จัดให้มีเครื่องวัดอุณหภูมิร่างกายสำหรับหัวหน้าระดับชั้นทุกระดับชั้น เพื่อใช้ในการสุ่มตรวจวัดไข้ครู พนักงาน และนักเรียนในระหว่างเวลาเรียน หากพบผู้ที่มีอุณหภูมิตั้งแต่ 37.5 องศาเซลเซียสขึ้นไปให้คัดแยกออกมาไว้ที่จุดพักสังเกตอาการ โดยให้นั่งพักและสังเกตอาการ พร้อมทั้งบันทึกประวัติและตรวจอุณหภูมิซ้ำ

หากยังมีอุณหภูมิตั้งแต่ 37.5 องศาเซลเซียสขึ้นไปอีก ให้ดำเนินการตามแนวทางปฏิบัติการคัดกรองของกระทรวงสาธารณสุข เพื่อคัดแยกมิให้เข้าไปปะปนกับผู้อื่นภายในบริเวณโรงเรียน